六遷校址 五易校名
清光緒十五年（1889）秋，廣州惠愛八約浸信會禮拜堂的教牧和信徒李濟良（1858-1951）、馮景謙、廖德山（1868-1924）及李賢士（1854-1950）諸人，為遵照聖經訓誡，避免信徒子女入讀世俗學塾，並習染跪拜偶像之風，希望興辦一所華人基督教學校。11月28日，李濟良牧師在四鄉傳道人大會上報告成立書塾本意，獲眾支持，學校定名「培正書院」，義取「培植教會子弟，免送俗塾，有失正虞也。」1890年1月16日，學校正式開課。
內外交困，惨淡經營
民國以後，學生人數急增，學校遂加建宿舍以應需求，惟引致負債累升。1918年黃啟明履任中學校長後，於1919及1929年三度親身赴美、加、澳等地，向當地華僑籌得數十萬元，用以購地興建古巴堂、美洲堂、澳洲堂、美麗金堂、圖書館、芳園等建築，既令培正走出財困，又使培正得以不斷發展，締造「北有南開，南有培正」的美譽。
上世紀20年代，非基督教運動席捲全國，其論調為西方國家利用宗教侵略中國，教會教育是奴隸教育，教會學校是壓制愛國運動的幫凶。支持者動輒以罷課、罷考、退學為要脅，而華南地區以廣州響應最為積極。培正作為教會學校自然受到牽連，但所承受的衝擊遠較其他教會學校為輕，從未發生罷課或退學的事情。這與學校的管治體制、政治取向與師生關係有密切關係。
非基督教運動又衍生了收回教育權運動。1924年10月，全國教育會聯合會議決取締外國人在國內辦學，並限令學校之內不得傳佈宗教。翌年11月16日，國民政府頒佈〈外人捐資設立學校辦法〉，正式收回教育主權，規定傳教學校須由中國人擔任校長，並須以私校名義向政府立案登記，接受監管。同年，培正申請立案，同時取消聖經科為必修科，學生可自由參加宗教活動。1928年11月14日，獲教育廳批准立案，依法令更名為「私立廣州培正中學」。
黃啟明校長任內，積極籌辦分校，以應國內教育需要。先是1931年於西關永慶巷開設分校，繼而於1933年在香港何文田購地五萬呎開辦香港分校，至1937年租借了盧家花園開辦澳門分校，為培正的教育事業奠定不拔之基。
